Управление и координация всех служб и отделов музея
Организация бухгалтерского учёта
Научной библиотекой музея-заповедника пользуется около 100 читателей: постоянные и внештатные сотрудники музея, преподаватели и студенты училища культуры, ученые и научные сотрудники, приезжающие из других городов. Ежегодно им выдается около 1,5 тысяч изданий, выполняется около 220 библиографических справок.
Отдел занимается комплектованием музейного собрания, созданием оптимальных условий для обеспечения сохранности музейных ценностей и памятников истории, культуры и архитектуры, ведением учетно-хранительской документации, научно-исследовательской работой.
Основными направленями работы научного отдела является разработка научных проблем по истории Кирилло-Белозерского и других монастырей Белозерья, искусству и культуре Белозерского края, истории города Кириллова и Кирилловского района, подготовка научной документации и проектов для строительства выставок и экспозиций
Отдел архитектуры и реставрации занимается организацией работы и контролем за осуществлением проектных и реставрационных работ, которые выполняются силами подрядных производственных организаций, выбранных на основании конкурсных торгов.
Занимается правовой поддержкой деятельности музея.
Отдел занимается поддержкой информационных систем и оргтехники музея, обеспечением информационной составляющей для выставок и экспозиций, разработкой музейных изданий.
Задачи по обеспечению сохранности культурных ценностей и памятников, безопасности посетителей и сотрудников музея.
Сотрудники отдела занимаются строительством новых экспозиций и временных выставок в музее и за его пределами, хранением музейных экспонатов и выставочного оборудования, ведут обзорные и тематические экскурсии по музею.