Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
05.03.2010
Музей фресок Дионисия посетили московские студенты, работавшие по программе «Школа Дионисия».
Они прослушали лекции в Соборе Рождества Богородицы по Акафисту Богородицы, по технологии стенописи и хранению фресок, познакомились с историей монастыря и музея, удивились замечательной коллекции прялок и предметам крестьянского быта в подклете Трапезной палаты, побывали в Кирилло-Белозерском музее-заповеднике, посмотрели деревянную церковь в Цыпине, посетили Горицкий женский монастырь. Москвичи сожалели о малом количестве времени, поэтому не смогли познакомиться с библиотекой нашего музея, старопечатными книгами, почти не видели г. Вологды, надеясь приехать летом.