Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
01.02.2010
Проводятся реставрационные работы ц. Кирилла Белозерского
С января ООО «Реставрационный центр» по договору с Кирилло-Белозерским мужским епархиальным монастырем ведет ремонтные работы церкви Кирилла: устройство новой иконостасной рамы, побелка стен и сводов, замена столярных заполнений, монтаж электроснабжения и сигнализации. Музей помог монастырю профинансировать работы по сигнализации. Также в церковь Кирилла музей передает копии икон иконостаса Успенского собора.