Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
25.03.2010
24 марта в музее состоялся семинар районной Истоковской школы мастерства на тему «Кирилло-Белозерский монастырь-центр культурной и духовной жизни Северной Фиваиды»
Участники семинара с большим вниманием прослушали лекции «Архитектурный ансамбль Кирилло-Белозерского монастыря», «Иконописание в Кирилло-Белозерском монастыре», «Библиотека Кирилло-Белозерского монастыря», прочитанные сотрудниками музея-заповедника И.А Смирновым, Н.В Петровой, А.В. Смирновой. Заведующая научной библиотекой музея В.М. Ботина провела для учителей обзор литературы.