Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
16.10.2010
В октябре 2010 года ООО «РЦ-АПО» по государственному контракту с музеем завершается очередной этап присоединения ансамбля Кирилло-Белозерского монастыря к городским сетям водоотведения
Архимандричьи кельи, Трапезная палата, Домик Келаря, Тюремный двор уже будут подключены к городским сетям уже в октябре. Присоединение остальных памятников ансамбля планируется в 2011 году, что позволит приспособить их для современного использования и улучшить экологическую ситуацию на территории монастыря, т.к. до настоящего времени водоотвод осуществлялся в специальные емкости, которые существовали с 1980-х годов и в последнее время были уже не герметичны.