Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
22.10.2010
20-21 октября в Музее фресок Дионисия прошли традиционные 9-е Ферапонтовские чтения. На них были представлены доклады, как маститых ученых, так и школьников из Москвы, Санкт-Петербурга, Вологды, Череповца и районов области.
Лучшие доклады были награждены денежными премиями, книгами и дипломами. Финансирование чтений по традиции осуществляет ОАО «Северсталь».