Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
28.06.2008
В музее прошёл праздник «Город и его музей»
Программа праздника была очень насыщенной и интересной. В неё было включены мастер-классы, просмотр видеофильмов, состоялась презентация новых выставок «Моя семья», «Мир фантазий Татьяны Трубниковой», «Чудо России в живописи Людмилы Лупушор». Была представлена композиция по мотивам северной сказки «Свадьба будет», игровая программа «Забавы у старой мельницы». В течение дня у Вологодской башни работал кузнец Николай Валентинович Митин. Кирилловский левша провел мастер - класс «Звон металла, раздавайся!». Все желающие могли попробовать свои силы в кузнечном деле.
В это день на мероприятиях музея побывало около 2000 человек.