Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
23.08.2008
Музей посетили сотрудники музея имени Отто Гермена (г. Мишкольц, Венгрия).
Они познакомились с экспозициями и архитектурными памятниками музея. Гости прибыли в Кириллов в рамках официального визита в Вологду. Сотрудники этого муниципального музея уже 25 лет сотрудничают с Вологодским государственным историко-архитектурным и художественным музеем - заповедником.