Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
18.10.2008
Музей посетили сотрудники «Государственного музея истории Санкт - Петербурга».
Они познакомились с архитектурным ансамблем монастыря, с главными музейными экспозициями и посетили Братские кельи. В этот же день с экспозициями музея знакомились представители Череповецкой городской Думы.