Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
18.05.2009
Сегодня музей посетил министр культуры А. Авдеев
В рамках визита на Вологодчину сегодня в музее побывал федеральный министр культуры А.А. Авдеев. Его сопровождали Губернатор Вологодской области В.Е. Позгалёв, глава Департамента культуры Вологодской области Л.И. Кашина, Глава Кирилловского муниципального района С.В. Усов.
В книге отзывов Александр Алексеевич оставил запись: "Замечательный музей с коллекцией мирового значения. Сердечная благодарность работникам музея, настоящим подвижникам, за самоотверженный труд. Вашими усилиями славна Российская культура. С признательностью, А. Авдеев. Министр культуры России. 18 мая 2009 г."