Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
02.08.2011
13 и 14 сентября 2011 г. в музее пройдёт международная научно-методическая конференция «Сохранение росписей Дионисия 1502 г. в Соборе Рождества Богородицы Ферапонтова монастыря»
На конференции предполагается обсудить широкий спектр вопросов связанных с изучением, реставрацией, консервацией, сохранением фресковой живописи в соборе Рождества Богородицы и аналогичных ему памятников, обсудить проблемы связанные с их музеефикацией, созданием и поддержанием в них ТВР.
В связи с важностью и значимостью проблем поднимаемых на конференции, на нее приглашаются Министр культуры РФ, Губернатор Вологодской области, представители Российского Комитета Международного Совета музеев, Международного Совета по сохранению памятников и достопримечательных мест, Комитета по всемирному наследию при ЮНЕСКО, Глава Кирилловского муниципального района.