Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
10.09.2009
10 сентября состоялось торжественное заседание, посвященное 85-летиию Кирилло-Белозерского музея-заповедника.
В заседании приняли участие зам. губернатора Вологодской области, представитель Законодательного собрания Вологодской области М.В. Суров, Архиепископ Вологодский и Великоустюжский Максимилиан, Глава Кирилловского района С.В. Усов, представители научной общественности, музеев и реставрационных организаций. В рамках торжественного заседания состоялась церемония сдачи после завершения реставрационных работ Караульных палат при Казанской башне (1658-1659 гг.) и Домика келаря (XVII в.).