Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
05.07.2012
3 и 4 июля 2012 года на территории музея работали специалисты компании Google
3 и 4 июля 2012 года специалисты компании Google осуществляли панорамную съёмку территорий Кирилло-Белозерского, Ферапонтова монастырей, церкви Илии Пророка на Цыпино при помощи специального трайка - трёхколёсного велосипеда с фотокамерами. Фотографии архитектурных ансамблей появятся на сервере Google в конце 2012 - начале 2013 гг., благодаря чему пользователи сети Интернет смогут виртуально посетить Кирилло-Белозерский музей-заповедник и его филиалы.